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肝微粒体是体外研究一个化合物的代谢（酶抑制、清除率和代谢鉴定）以及药物-药物相互作用的主要工具。通常根据特定细胞色素酶的活性水平来选择微粒体。
在化合物早期发现阶段，为了初步评估化合物在体内被代谢清除的风险，采用化合物与肝微粒体在体外共孵育一段时间后，通过检测药物浓度的变化来反映化合物的稳定性，即为肝微粒体代谢稳定性测试。
作为早期化合物筛选中的重要一环，准确地认识该项测试结果对于化合物性质的判断十分重要。由于认识的不足，对于LMS的结果，非常容易产生错误的理解和判断。
很多误区的造成是对体外试验体系和体内条件差异认识的不足，LMS的测试与体内清除过程的差别主要有五点。
1、体外试验体系中化合物与酶含量的相对比例可能有差别；
2、化合物在体外是静态的，与代谢酶时时刻刻接触的，而体内的血液或组织液交换是动态的，药物分子一旦逃离肝脏部位就接触不到肝脏代谢酶了；
3、体外我们与微粒体孵育的化合物是全游离的状态，而体内的化合物是先与血浆蛋白接触之后，只有未与血浆蛋白结合的药物才有机会与肝脏代谢酶结合；
4、体外化合物是无障碍的与代谢酶接触，而体内化合物想要接触肝细胞中的代谢酶首先就需要跨过肝细胞膜的障碍；
5、体内可能包含除了肝微粒体之外的代谢酶。
基于如上三点差别，一类固有清除率很高的化合物，但是其PPB水平很高，大量的药物在接触肝脏代谢酶之前就被血浆蛋白抓走了，从而会导致其体内的清除率也没那么高。
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肝微粒体